SMA Yayasan Pupuk Kaltim merupakan sekolah umum yang religius dengan memiliki Sarana Ibadah yang nyaman dan lengkap, diantaranya;
- Mosholla Ulul Albab, daya Tampung 500 orang. Fasilitas AC, Kipas Angin, Soundsistem, LCD dan kitab Suci Al-Qur'an
- Ruang Agama Katolik. Fasilitas AC, Kursi, Meja, dan Al-Kitab.
- Ruang Agama Protestan. Fasilitas AC, Kursi, Meja, dan Al-Kitab.
- Ruang Agama Hindu. Fasilitas AC, Kursi, Meja, dan Kitab Weda.